Med mindre andet er aftalt, er det FPS som oppebærer lønsum for basisløn, tillæg, pensionsbidrag etc. (kapacitetsløn) i henhold til relevant organisationsaftale, for ansatte i fleksjob. Dette gælder dog ikke for Hjemmeværnet, Forsvarets Efterretningstjeneste og Forsvarsministeriets Departement. Disse myndigheder oppebærer selv lønsummen for ansættelser i fleksjob.
 
Den 1. januar 2013 trådte nye regler for fleksjob i kraft. I det følgende kan du læse, hvilke regler der er gældende alt efter om medarbejderen er ansat i fleksjob før eller efter 1. januar 2013.
 
Ansættelse i fleksjob – før 1. januar 2013
Medarbejdere ansat i fleksjob før 1. januar 2013 fortsætter på hidtidige vilkår og er ikke omfattet af de nye regler.
 
Forsvaret betaler den fulde overenskomstmæssige løn til medarbejderen og modtager herefter tilskud fra medarbejderens bopælskommune af den mindste overenskomstmæssige løn på det aktuelle ansættelsesområde. Tilskuddet kan være på henholdsvis 1/2 eller 2/3 alt efter medarbejderens arbejdsevne. Herudover ydes der et statstilskud fra Finansministeriet svarende til halvdelen af det kommunale tilskud.

Ansættelsesforholdet ophører som udgangspunkt, med udgangen af den måned hvor medarbejderen den efterfølgende måned modtager folkepension.
 
Ansættelse i fleksjob – efter 1. januar 2013
En medarbejder kan kun blive ansat i et fleksjob på sit hidtidige tjenestested, hvis denne forinden har været ansat på arbejdspladsen i mindst 12 måneder under overenskomstens sociale kapitler eller på særlige skånevilkår. Aftalen mellem Forsvaret og medarbejderen om ansættelse efter de sociale kapitler, eller på særlige skånevilkår, skal være skriftlig.
 
Aftalen skal indeholde oplysninger om, hvilke funktioner medarbejderen har svært ved at udføre eller ikke kan udføre, og hvilke konkrete skånehensyn der er aftalt. Forsvaret skal dokumentere, at der er gjort et reelt forsøg på at etablere et vedvarende ustøttet job efter de sociale kapitler eller på særlige vilkår.  Dette gælder dog ikke, hvis medarbejderen har været udsat for akut opstået skade eller sygdom og det er åbenbart formålsløst at gennemføre foranstaltninger med henblik på job efter overenskomstens sociale kapitler eller på særlige skånevilkår.
 
Kommunerne bevilger fleksjob for en periode af fem år. Når den femårige periode udløber, tager kommunens jobcenter stilling til, om medarbejderen fortsat opfylder betingelserne for fleksjob. Såfremt betingelserne er opfyldt kan medarbejderen få forlænget ansættelsen i yderligere 5 år. Personer over 40 år kan efter en periode på 5 år, få en permanent fleksjobbevilling af kommunen såfremt kommunens jobcenter vurderer, at vedkommende aldrig bliver i stand til at varetage et almindeligt arbejde på ordinære vilkår.
 
Ansættelsesforholdet ophører som udgangspunkt, med udgangen af den måned hvor medarbejderen den efterfølgende måned modtager folkepension. Forsvaret betaler overenskomstmæssig løn til medarbejderen for den reelle arbejdstid der bliver udført og som kommunen har udmeldt, under hensyntagen til skånehensynene.
 
Lønnen suppleres med et fleksløntilskud som udbetales af kommunen til medarbejderen. Tilskuddet kan højst udgøre et beløb, der svarer til 98 pct. af arbejdsløshedsdagpengenes højeste beløb. Kommunen udbetaler fleksløntilskuddet månedsvis bagud. Fleksløntilskud og løn udbetalt af Forsvaret kan tilsammen højest udgøre kr. 36.900 inkl. pension pr. måned (niv. januar 2013).